Das Benediktinerinnenkloster Sankt Agnesen in Schaffhausen wurde 1080 von Burkhard von Nellenburg für seine Mutter Gräfin Ita gestiftet. Burkhard war der Sohn von Graf Eberhard VI. von Nellenburg. Dieser erhielt 1045 von König Heinrich III. in Köln das Münzrecht für Schaffhausen. Das Kloster, dem Patronat der Heiligen Agnes unterstellt, war nebst dem bereits 1049 gegründeten Kloster zu Allerheiligen das zweite Kloster in der noch jungen Stadt. Nach der Reformation wurde das Nonnenkloster aufgehoben. Die Gebäude wurden weitgehend unverändert als Spital weiter genutzt. Die Anlage wurde 1936 durch die Stadt Schaffhausen übernommen und zu einem Altersheim umgebaut.